Фабиан Руис Пенья родился 3 апреля 1996 года в Лос-Паласиос-и-Вильяфранка, Андалусия, Испания. Он начал футбольную карьеру в местной школе «Лас-Паласьос», а с восьми лет выступал за молодёжную команду «Реал Бетис». В 2014 году дебютировал за резервную команду «Бетиса», а в 2015 году — за основную команду в Ла Лиге.
В 2017 году Фабиан был отдан в аренду в «Эльче», где набирался опыта, а после возвращения стал ключевым игроком «Реал Бетиса». В 2018 году перешёл в итальянский «Наполи» за рекордные для клуба 30 миллионов евро, где закрепился как один из лучших полузащитников. В 2022 году подписал контракт с французским «Пари Сен-Жермен» на пять лет.
На международной арене Руис выступает за сборную Испании с 2019 года. Он стал чемпионом Европы в 2024 году и победителем чемпионата мира 2026 года. В 2026 году после триумфа на ЧМ Фабиан получил традиционный подарок из томатов — 84,5 кг — от своего родного города Лос-Паласиос-и-Вильяфранка, где эта традиция существует с 2010 года и символизирует местную гордость и признание спортивных достижений.
Фабиан известен своей универсальностью в полузащите, умением видеть поле, точными передачами и тактической гибкостью. Он играет за «Пари Сен-Жермен» под номером 8 и считается одним из ведущих игроков своего поколения в Европе.